얼마 전, 전문연구요원의 해외여행을 제한하는 법률 조항의 유권해석이 바뀌면서 병무청이 그 재해석한 내용의 적용과정에서 적극적인 홍보를 하지 않고 유예기간을 두지 않아 일부 해당자가 곤혹을 치른 적이 있었다. 마침 이공계 기피 현상을 극복하기 위한 방안으로 이공계 병역특례제도 개선을 주장하는 등의 상황과 맞물려 전문연구요원제도의 시행 방법에 대한 논란이 고조되기도 하였다. 이번 사례는 관련 당사자들이 전문연구요원으로 대체 복무하는 과정 중에 법의 해석과 적용방법이 바뀌어 자신이 뜻하지 않은 손해를 입은 경우다. 하지만, 전문연구요원제도에 대해 막연한 생각만 가지고 전문연구요원으로의 대체복무를 선택했던 사람들이 자신이 알고 있던 정보와 사실이 달라서 손해를 보는 경우도 있음을 유념해야 한다.

전문연구요원으로 대체복무를 하게 되면 지정된 업체나 연구소에서 5년을 종사하게 된다. 또, 대체복무를 시작한 후 2년이 지나게 되면 지방병무청의 허가를 받고, 지정업체를 옮길 수 있는 기회가 주어진다. 박사과정 전문요원의 경우에는 박사과정의 수료 시에 이런 기회가 주어진다. 그리고 국외 여행이 제한되는데, 예외적으로 전문연구요원이 의무종사기간중 해당분야와 관련되는 국외연수나 업무수행을 위한 목적으로 1년 이내로 국외여행허가를 받을 수 있다.

전문연구요원으로 병역의무를 이행하려는 데 있어 또 고려해야 할 점은 전문연구요원제도가 이공계 인력들에게 관련 업체나 연구소에서 연구를 함으로써 대체복무를 할 수 있는 선택의 기회를 준다는 의미도 있는 반면, 현역병으로 입대하지 않아도 되는 잉여인력을 이용해 국내 산업을 육성시킨다는 차원에서도 추진되고 있다는 제도의 취지를 간과해서는 안된다는 점이다. 사실 현재 논의되고 있는 전문연구요원의 복무기간을 3년으로 줄이자는 의견도 일반 군복무자와의 형평성 문제와 함께 국내 기업체와 연구소의 이익과 직접적으로 배치되는 문제 때문에 쉽게 반영되지 못하고 있는 면도 없지 않다.

또한, 단순히 군역을 피하려는 의도로 전문연구요원을 선택하려는 것은 전문연구요원제도의 취지를 잘못 이해한 것이다. 전문연구요원으로 일하게 된 업체나 연구소에서 자신의 관심사나 진로와는 동떨어진 연구를 수행해야 함으로써 받게 되는 고민과 갈등을 겪는 경우도 많다. 그리고 지정업체 간의 여건과 대우가 천차만별이며, 의무종사 이후 인정받게 되는 경력에도 많은 차이가 있다. 따라서, 자신의 전공을 살리거나 진로에 직접적으로 도움될 수 있는 길을 찾겠다는 목적으로 전문연구요원제도를 활용하는 것이 바람직하다.

전문연구요원으로 대체복무를 하게 되는 당사자들로서도 염두해야 할 점이 있다. 전문연구요원제도의 시행에 있어 불합리한 요소와 부당한 대우라고 판단되는 사항에 대해서는 적극적으로 제 목소리를 내며 개선을 요구하는 노력이 반드시 필요하다. 아직도 전문연구요원제도에는 개선되어야 할 점이 많기 때문이다. 전문연구요원의 의무종사기간에 대한 논의에 있어서도 사회적 합의가 필요하며, 제도의 취지와 어긋나게 전문연구요원이 부당한 불이익을 받을 수 있는 여지를 남겨둔 제도적 허점도 계속해서 보완되어야 할 부분들 중 하나이다.