대체복무는 징병제인 나라에서 군복무를 대신해, 국가가 지정한 시설에서 일하는 것을 인정하는 제도이다. 기간산업 육성이나 기타 공익목적을 위해서 근무하도록 하며 △공익근무요원 △산업기능요원 △공중보건의사 △전문연구요원 등 그 종류가 다양하다. 한편, 이와 같은 대체복무 중 이공계 학생들만을 위한 제도가 있다. △과학기술전문사관 △전문연구요원 △중소기업 ROTC이다.

과학기술전문사관
과학기술전문사관은 국방부와 미래창조과학부가 공동으로 주관해 올해 처음 시행되는 제도이다. 기술 집약형 군 구조 개편에 부합하는 우수한 국방연구개발 인력을 확보하고, 창조경제 구현에 기여할 기술 창업가를 양성하는 것을 목적으로 한다. 요약하면 교육, 병역 그리고 취ㆍ창업의 3마리 토끼를 한 번에 잡고자 하는 것이다. 올해 처음 도입되는 만큼 시범적으로 △우리대학 △KAIST △GIST △UNIST 등 4개 대학을 대상으로 한다.
현재까지 1단계 지원서류 접수와 합격자 발표, 2단계 지원서류 접수가 있었다. 1단계는 우리대학 19명, KAIST 26명, GIST 5명, UNIST 59명(이하 순서 동일)이 지원했으며, GIST외의 3개 대학에서는 각각 여학생 1명 또한 지원했다. 지원자를 대상으로 1차로 대학에서 성적 및 자기소개서를 바탕으로 추천하면 이후 2~3단계에서 육군 등에서 신체ㆍ인성 검사와 면접ㆍ직무수행능력, 종합평가 등을 통해 최종 합격자 20명이 12월 중으로 결정된다.
한편, 제1기 과학기술전문사관 후보생 지원자격은, △현재 4-5학기 재학 중이거나 15년 3월 5-6학기로 복학 예정인 학생 △임관일(2017년 6월 1일) 기준 만 20세 이상 만 27세 이하(1990년 6월 2일 ~ 1997년 6월 1일 출생자)로 제한됐다. 임관일까지 학사학위 취득을 해야 하기 때문에 학기에 대한 하한선을 두었고 상한선에 대해서는 “합격 후 3,4학년 동안 과학기술전문사관 교육을 받아야하기 때문이다”라고 미래창조과학부 관계자는 전했다.
과학기술전문사관으로 선발되면 받을 수 있는 혜택이 많다. 우선 학사 과정 중에 받는 혜택으로, 내년부터 17년 2월까지 매학기 전문역량개발비 250만 원과 등록금 전액을 지원받는다. 창업교육센터와 연계하여 실시되는 모의 창업 프로그램이나 창업 경진대회 등을 통해서 전공ㆍ창업 교육을 받는다. △전기ㆍ전자ㆍ컴퓨터 △기계ㆍ항공 △순수과학 및 기타 계열로 나누고 각 계열별 지정 교과목을 두어, 4개 대학의 공동 계절학기나 인터넷 강의 등을 통해 타 대학에서도 이수할 수 있도록 지원받는다. 또한 국방과학연구소(ADD)의 인턴십을 2주 동안 받는다.
학사 졸업 후 임관 종합평가가 끝나면 전공분야를 고려해 국방과학연구소나 이외의 연구본부에서 소위로 임관해 3년 동안 근무를 한다. 올해 선발되는 1기는 전원 국방과학연구소에서 근무한다. 근무 기간 중 과학기술연합대학원(UST)에 청강생 자격으로 교과목 수강을 할 수 있도록 지원받는다. 중위로 전역 후, 과학기술연합대학원에 진학하면 청강과목에 대한 학점인정을 통해서 박사학위 취득기간을 최대 1년 단축할 수 있도록 한다. 또한, 국방 R&D 관련기관 취업을 지원하고 벤처창업을 위한 컨설팅과 자금지원 또한 해준다. 하지만 이와 같은 지원 내용들 중 아직 확정되지 않은 계획, 협의단계인 사항들이 많다는 불확실성이 있다.

전문연구요원
전문연구요원은 석ㆍ박사 등 고급과학기술인력에게 병역의무로 인한 연구경력의 단절 없이 지속적으로 연구기회를 부여해 국가산업의 육성ㆍ발전 및 경쟁력 제고에 기여하도록 실시된 제도이다. 최초로 시행했던 1973년 당시에는 복무기간이 5년이었지만, 2003년 10월에 4년으로, 2005년 7월에 3년으로 줄어 현재까지 유지되고 있다.
자칫하면 산업기능요원과 혼동할 수 있는데 두 가지를 간단하게 비교하면, 전문연구요원은 이공계 석ㆍ박사 등 연구 인력으로 학문 및 과학기술 분야에서 36개월 종사하는 반면, 산업기능요원은 기술자격ㆍ면허를 소지한 기술인력으로 산업체 제조ㆍ생산분야에서 34개월 종사한다. 또한, 산업기능요원은 현재 특성화고와 마이스터고 졸업생만 지원이 가능하다는 점에서 다르다.
전문연구요원이 되기 위해서는 석사이상의 학력을 보유해야하며 △대학원 및 대학부설 연구기관 △자연계 연구기관(기업체 포함) △방위산업 연구기관 △인문사회 연구기관에서 근무를 할 수 있다. 전문연구요원 편입 방식은 크게 대학원과 이외의 연구기관 및 기업체로 나뉜다.
대학부설 연구기관의 경우 자연계 석사학위 이상을 취득하면 전문연구요원으로 편입을 할 수 있다. 올해 기준, 73개의 연구소를 대상으로 기관별 배정인원만큼 자율적으로 채용하도록 하며 총 44명이 배정돼 있다.  다른 연구기관이나 기업체로의 편입도 이와 비슷하다.
대학원의 경우 석ㆍ박 통합과정 혹은 박사과정인 학생들이 전문연구요원으로 편입할 수 있다. 석ㆍ박 통합과정인 경우 박사자격시험(Q.E)을 통과하고 재학 중인 학기가 4학기 이상이어야 한다. 박사과정인 경우 재학 중인 학기가 2학기 이상이어야 편입이 가능하다. 하지만 이 조건이 충족되었다고 해서 모두가 전문연구요원이 될 수 있는 것은 아니다. 공인인증점수인 △영어(서울대언어교육원 TEPS) 300점(990점 만점기준 환산) △국사(한국사능력검정시험 3급 이상), 출신대학원 성적인 △대학원 석사과정 성적 300점을 합해 선발한다. 올해 기준, 97개 대학원을 대상으로 전기 490명 후기 210명을 선발하며, 수도권 490명 비수도권 210명으로 지역할당을 두고 있다. 우리대학의 경우 비수도권에 해당되며, 매년 110여명이 신청해 지금까지 모두 합격을 하고 있다.
한편, 지난해 대학원에 있는 전문연구요원의 복무관리 부실 문제가 드러났다. 해마다 실태를 조사하고 평가하는 병역특례업체와는 다르게, 복무관리 전체를 대학이 관리하고 있었기 때문이다. 그래서 현재 병무청은 대학원에서도 매년 실태조사 및 평가를 실시하고 있다. 특히, 우리대학을 포함한 전문연구요원이 많은 주요대학 위주로 2014년 12월까지 전자출퇴근시스템 도입을 의무화했다.

중소기업 ROTC
내년부터 시행되는 중소기업 연구 학생 연구단(ROTC: Research Officers Training Corps)은 중소기업에 우수한 기술 인력을 공급하기 위한 제도이다. 4년제 대학의 3학년 이공계 학생을 대상으로 하며, 선발되면 4학년 때부터 취업과 연계된 전공ㆍ실무 교육을 받는다. 학사 졸업 후 해당 중소기업에 취업을 하며, 이와 동시에 석사 학위 취득을 위해 대학원에 입학한다. 2년간 중소기업에서 일하면서 석사 학위를 취득한 후, 최소 3년간 해당 중소기업에서 추가로 근무하며 병역을 대체한다.
한편, 중소기업 계약 학과에서만 석사 학위를 취득할 수 있는데 현재 전국 40개 대학에 설치돼 있다. 제도가 처음 시행되는2015년에는 50여명 규모로 중소기업 ROTC를 선발하고 향후 그 규모를 늘려나갈 예정이다.