2011년 11월 8일, 이사회에서 의료공제회 폐지가 의결됐다. 이 때 이사회에서 당사자인 학생들의 의견을 충분히 수렴하지 못했다는 의견이 학생사회에서 지배적이었고, 학내 곳곳에서 심한 반발이 일어났다. 제25대 총학생회에서 뒤늦게 의료공제회 존폐에 관한 설문조사를 실시했는데, 설문 결과 약 1,200명의 참가자 중 80% 이상의 학생이 의료공제의 존속을 원하는 것으로 나타났다. 따라서 25대 총학생회는 2012년도 1학기까지 의료공제회 폐지 여부를 미루기로 하였고, 제29차 대표자운영위원회에서는 학생 차원에서 앞으로의 방안을 논의하기로 결정했다. 이에 전체학생대의원회 1학기 개강 정기회의에서 의료공제회 준비 특별위원회를 구성하기로 결의했다.
학생들의 의견을 수렴하고 이를 대표하기 위한 학생의료공제회 준비 특별위원회는 지난 3월에 구성됐다. 위원장 남승원(기계 09) 학우를 필두로 구성된 학부생 위원들과 안병남(물리 박사) 대학원 대표는 3월 22일 첫 회의를 시작으로 지금까지 네 차례의 회의를 거쳐 학생들의 의견을 수렴하기 위한 논의를 가졌다.
의료공제회에 대한 학생들의 의견을 알아보기 위해 특별위원회에서는 설문조사를 실시했다. 설문조사에는 총 213명의 학부생이 참여했다. 이 중 절대 다수를 차지하는 88%의 학생이 학생의료공제회의 존속을 원하는 것으로 나타났다. 몇 가지 쟁점 사항에 대해서는 학부생들의 의견이 갈렸다. 학부생과 대학원생 의료공제회의 재원 분리에 관해서는 34%의 학생이 현상유지를 원했고, 37%의 학생이 차등납부, 27%의 학생이 재원분리를 원하는 것으로 나타났다. 똑같은 금액을 납부하는 학부생과 대학원생의 의료비 수혜 비율이 22.55%, 77.45%로 크게 차이나 생긴 쟁점으로 보인다. 소액 결제 허용 여부에 대해서는 약 66%의 학부생이 허용해야 된다고 응답했고, 34%의 학생이 허용하지 말아야 한다고 답했다.
학부생 의료공제회 준비 특별위원회는 설문조사를 바탕으로 한 학부생들의 의견을 반영하여 학생의료공제회를 준비해 나갈 예정이다.