현재 우리나라 사립학교의 운영구조는 학교법인 중심으로 이루어져 있다. 재단 법인 형태 의 기반에 수정을 가해 공공성을 확보한 학교법인이라는 형태로 제도화하고, 이사회를 의결기관으로, 이사장을 학교법인의 대표로 하고, 학교는 법인이 설치, 경영하는 시설로 되어있다. 학교에 따라서는 총ㆍ학장이나 교무회의 등이 운영에 영향을 주고 있는 경우도 있으나, 대체적으로 법인 혹은 이사회 중심의 운영구조로 되어 있다. 이러한 현행 사립학교의 운영구조 하에서는 사학의 자율성은 설립자나 이사회의 자율성으로 이해될 소지가 크다.
현재 사립학교법 상 이사장은 학교의 장을 겸직할 수 없지만, 이사는 학교의 장을 겸직할 수 있도록 되어 있다. 학교와 재단의 관계에 대한 역사적 변천을 살펴보면 1963년 제정 이후 15여회의 개정을 통해 지금의 모습이 갖추어졌다. 1981년 5월 개정 때는 설립자나 그 직계존비속의 전횡이나 권력남용을 방지하기 위해 인사권 및 재정권을 박탈내지는 제약하기도 하였으며, 한때 설립자에게만 두던 제한이 이사장에게까지 확대가 되어 학교의 장 임명을 제한하는 개정도 이루어졌었으나 1990년에 개정하면서 다시 원상 복귀하였다.
이사회 구성의 경우 63년 제정 사립학교법에서는 이사의 수를 5인 이상 15인 이하로 하고 친족관계 이사는 이사정수의 1/3 이하로 제한하며, 이사 중 1/3 이상은 교육경험이 있는 자로 하도록 하였다. 90년 개정 시에는 친족의 수를 2/5로 하여 이사구성의 제한을 완화하였고, 97년에 다시 개정하면서 이사의 교육 경력을 1년 이상에서 3년 이상으로 조정, 이사의 전문성을 강화하는 방향으로 개정하였다.
이러한 법인 이사회의 구성방식으로 보아 그 의사결정과정은 개방적이기 힘들다. 특히 일반 공익법인의 경우 친족관계인 자가 이사 정수의 1/5를 넘기지 못하게 되어 있는 것과는 대조적으로 이사장의 친족으로 구성된 형식적인 사립학교 이사회가 될 소지가 많다. 또, 학부모나 동문대표 등이 참여할 수 있는 제도적 장치는 아직까지도 전혀 마련되지 않고 있다. 사태가 이렇게까지 된 데에는 92년과 99년의 사립학교법 개악이 큰 영향을 주었는데, 당시 사학재단의 이사장들이 대거 국회의원에 당선이 되어 국회 교육분과의 대수를 차지해 결국 재단의 입장에 유리하게 법을 개정하였기 때문으로 분석된다.
이에 학교의 사유화를 막고, 민주적 학교 운영을 보장할 수 있는 공익이사 제도의 도입이나 비리로 처벌받은 자의 학교 복귀 금지, 일반 공익법인과 같이 친족이 이사정수의 1/5이상이 넘지 않도록 개정되어야 한다고 ‘사립학교법 개정과 부패사학 척결을 위한 국민운동본부’ 등을 비롯한 많은 시민 단체들은 목소리를 높이고 있다. 또, 국립대학에 비해 그 위상이 낮은 대학평의원회 등의 학교 운영위원회의의 의결기구화나 교원 임용의 투명성 보장 또한 해결해야할 부분이다.
92년과 99년 있었던 사립학교법의 개악 이후 지난 2001년에는 20여명의 국회의원이 독자적인 사립학교법 개정안을 국회에 내기도 하였으며, 헌법재판소에서는 “국민의 교육받을 권리를 실효화하기 위해서는 사학 역시 국공립학교와 유사한 공공성이 요구된다”고 판결내려 교육의 공공성을 인정하는 성과를 보이기도 했다.
그리고 노무현 대통령의 국민참여정부 출범과 함께, 사학분규가 심하던 대구대 총장 재직시 교수회나 학장회의 등을 투명하게 잘 이끌어낸 윤덕홍 부총리가 교육인적자원부를 이끌게 되어 사립학교법 개정에 전기가 마련될 수 있을 것으로 전망되고 있다.
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