이를 위해 노무현 대통령은 연구개발 투자의 효율성을 높이기 위한 업무조정 기능을 강화할 것을 분명히 한바 있다. 이에 따라 과학기술 관련 부서들간의 조정을 위해 지난 1999년 만든 국가과학기술위원회(이하 국과위)의 체제를 정비할 것으로 보인다. 실제 인수위와 청와대는 위원장인 대통령을 대신해 실질적으로 조정업무를 수행하는 간사 역을 이해 당사자인 과학기술부 장관으로부터 청와대 정보과학기술보좌관으로 옮기고 각종 연구회와 정부출연연구소도 국과위 소속으로 개편하는 안을 검토해왔다. 이에 따라 추후 어떤 형태로든 현재까지 각 부처들 간의 개별적으로 행해졌던 연구개발 사업들이 일관된 관리 체제로 개편될 전망이다.
한편 과기부는 차세대 주력산업 창출을 위해 IT, BT, NT 등 신기술 개발에 투자하며 국과위 산하에 관계 부처와 민간이 공동으로 참여하는 `미래전략기술기획단’을 구성, 오는 7월까지 대상기술을 발굴하는 안을 제시해 놓고 있다.
또한 동북아 R&D허브 구축과 지방 과학기술 혁신을 통해 노무현 정부의 동북아 중심 국가화, 지방 분권화 전략과 발 맞춰 구체적인 연구개발 투자 방향을 설정하고 있다.
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